最近做差异基因分析，需要将差异基因表达量映射到 KEGG 通路上生成 pathway 图。我用 Bioconductor 的 pathview 包出图后发现节点大得离谱、颜色也不对。在 AI 帮助下解决了问题，还学到一种新的打补丁方式。

面向对象是编程时一种常用的范式，在我的实际工作中，使用面向对象主要是为了通过继承特性减少重复代码，和将常用数据封装到对象内，避免过多、重复、嵌套的传递参数。

在习惯了python后，使用R进行脚本开发会让人感到十分痛苦，老生常谈的错误回溯不明确问题暂且不谈，当要写的脚本稍微复杂点，需要分文件的时候，才发现R的导入机制也挺蛋疼的…. 还好有box包，可以用类似python的逻辑来进行模块化导入。

前段时间帮同事做图, 又解锁了一些新的问题和解决方式, 涉及ggpubr, 生存分析包, 做个记录.

今天碰到一个做图问题, 学到了一个新的小技巧, 记录一下

从过去的经验来看…我有很多的技能都属于副产物…今天这个也是, 我的本意在于使用网易提供的NemuBox源代码编译出一个网易改进过的Virtualbox, 结果…我学了几样跟docker有关的技能…

前些天帮师姐弄了一下序列比对, 才发现原来经常用的MEGA出到了X(10), 并且现在有了Linux的GUI版本. 不由得小感叹了一下: 世界真是在慢慢变化的.

想不到4年之后, 又要弄回归了…这一次用的R而不是SPSS, 之前作的是统计分析, 这次…居然变成机器学习了…

最近用写了个画图的脚本, 需要一次性用ggplot绘制大量的图片. 虽然在脚本内所有需要使用循环的地方都已经使用上apply了, 但依然架不住一次画几百图, 所以捣鼓了一下parallel, 将画图的部分并行执行以加快速度.

用R总是会碰到各种问题, 收集一下