去年我入职新公司的时候，接到了一项为生物信息培训准备教学用分析环境的任务，以此为契机，我接触到了Pixi。后来由于工作内容变动，我不仅要进行生物信息分析，还要兼任全栈维护的工作，接手的项目横跨前段后端，涉及的语言和框架不再限于数据科学常用的R、Python，Pixi也依然能充当一个跨语言/技术栈的开发环境管理工具（Conda资源极丰富，主流的编程语言和常用框架都有资源），因此现在再次来小结下，在我的工作中用得上的Pixi实用功能。

Milo是一种用于单细胞RNA测序数据的差异丰度分析方法，能够检测不同条件下细胞邻域的组成变化。

这是一个看论文看到想吐的夜晚(2022/03/29), 我再一次浏览着我Zotero中凌乱的目录树… 猛然想到, 我这几年到底看了多少文献了? 邮件导出…我自己都惊了… 561个文献条目, 419篇pdf下载论文… 真的… 如果我当年直博, 估计都不会看这么多论文.

鸽了都快大半年了, 自从接锅以来, 事情一直都多得做不完… 也就没那个兴致写东西, 不过这一次算是将半年来新学的一些东西做了综合应用, 写了我人生中第一个带数据库操作的Web-App, 所以还是应该纪念一下, 不过时间有限, 先写文本, 图片以后再补…

mSINGS是一个用来检测MSI的软件, 其优势似乎是可以用于tumor only的样品.

特么我终于成功使用这个特性了…我真是太南了…

MultiQC是一个NGS数据的质控工具, 不过跟很多其他工具不同的一点是, 它本身并直接进行数据获取和指标计算, 而是读入各种常见质控工具的结果文件然后做综合展示.

装软件的时候想了想, 用conda的移植性和可行性还是更好一些, 所以想用conda再尝试一下, 顺便可以看看snakemake怎么样…

因为工作需要了解了一些单细胞研究的基本思路及方案, 写个记录, 当作整理一下