去年我入职新公司的时候，接到了一项为生物信息培训准备教学用分析环境的任务，以此为契机，我接触到了Pixi。后来由于工作内容变动，我不仅要进行生物信息分析，还要兼任全栈维护的工作，接手的项目横跨前段后端，涉及的语言和框架不再限于数据科学常用的R、Python，Pixi也依然能充当一个跨语言/技术栈的开发环境管理工具（Conda资源极丰富，主流的编程语言和常用框架都有资源），因此现在再次来小结下，在我的工作中用得上的Pixi实用功能。
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去年我入职新公司的时候，接到了一项为生物信息培训准备教学用分析环境的任务，以此为契机，我接触到了Pixi。后来由于工作内容变动，我不仅要进行生物信息分析，还要兼任全栈维护的工作，接手的项目横跨前段后端，涉及的语言和框架不再限于数据科学常用的R、Python，Pixi也依然能充当一个跨语言/技术栈的开发环境管理工具（Conda资源极丰富，主流的编程语言和常用框架都有资源），因此现在再次来小结下，在我的工作中用得上的Pixi实用功能。
在使用pixi管理生物信息学分析环境时，经常会遇到一些Bioconductor的R包安装后出现依赖缺失的问题。目前暂不清楚这个问题的原因，用了pixi一年了，这个问题到目前为止（2025.10）也木有修复，因此本文介绍如何通过pixi tasks功能来解决这类问题。
生物信息是一门交叉学科，而生物信息学中使用的工具集或技术栈，也是相当的“交叉”，其碎片化的程度，我绝对不亚于Linux发行版… 这也带来了大家都会面临的难题：生物信息分析环境部署。