从我大三（2011）开始玩当时远古版本的Linux Deepin起，到现在已经14年了。这么长的时间中，debian/redhat/arch系我都用过，但除了研三我自己把我的毕业论文误删了，我从来没有在Linux发行版下碰到过任何恶意程序或病毒。

然而上个星期，我公司的服务器… 居然中毒了…

今年的deepseek着实让LLM又火了一把，虽然在chatGPT之后，copilot和cursor就一直在到处打广告，但是我其实一直没试过… 于是在今年，我… 试了试Cline，确实好用，但是也符合我的固有印象，没有那么方便，尤其是，我更需要一个能直接在命令行使用并能够快速迁入脚本的选项，以批量完成一些简单的编码初始化业务，于是我找到了aider…

在现代软件开发中，持续集成（CI）和持续部署（CD）是提高开发效率和质量的关键实践。GitHub Actions 作为 GitHub 提供的强大自动化工具，能够帮助开发者轻松实现 CI/CD 以及更广阔的自动化工作流程。

面向对象是编程时一种常用的范式，在我的实际工作中，使用面向对象主要是为了通过继承特性减少重复代码，和将常用数据封装到对象内，避免过多、重复、嵌套的传递参数。

在习惯了python后，使用R进行脚本开发会让人感到十分痛苦，老声长谈的错误回溯不明确问题暂且不谈，当要写的脚本稍微复杂点，需要分文件的时候，才发现R的导入机制也挺蛋疼的…. 还好有box包，可以用类似python的逻辑来进行模块化导入。

综合官方说明、论坛文章的内容，整理编译Fydetab duo的openfyde镜像的方法, 目标是编译最新的R120版本镜像

看一看这个草稿的创建时间，居然是2024年06月了… 现在都2025年6月了，突然理解了为什么那么多UP主会成为鸽子，挖坑一时爽，填坑火葬场啊… 这篇是我位数不多的纯生物信息内容了…

问题起因是去年要运行 monocle3 进行拟时间分析，但是分析到最后发现一个很蛋疼的问题，monocle3 中的拟时间轨迹起点，是需要分析者来手动指定的，R代码执行过程中会自动开启浏览器，用户需要在浏览器打开的临时网站中指定起点，然后关闭页面，分析继续进行。

但是jupyter的irkernel内核并不支持这一特性。也就是说，我无法在juputer notebook中直接完成分析。这一问题在2019年就被提出过，但是直到我需要进行分析的2024年，5年过去，依然没有解决方案…

生物信息是一门交叉学科，而生物信息学中使用的工具集或技术栈，也是相当的“交叉”，其碎片化的程度，我绝对不亚于Linux发行版… 这也带来了大家都会面临的难题：生物信息分析环境部署。