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综合官方说明、论坛文章的内容,整理编译Fydetab duo的openfyde镜像的方法, 目标是编译最新的R120版本镜像

看一看这个草稿的创建时间,居然是2024年06月了… 现在都2025年6月了,突然理解了为什么那么多UP主会成为鸽子,挖坑一时爽,填坑火葬场啊… 这篇是我位数不多的纯生物信息内容了…

问题起因是去年要运行 monocle3 进行拟时间分析,但是分析到最后发现一个很蛋疼的问题,monocle3 中的拟时间轨迹起点,是需要分析者来手动指定的,R代码执行过程中会自动开启浏览器,用户需要在浏览器打开的临时网站中指定起点,然后关闭页面,分析继续进行。

但是jupyter的irkernel内核并不支持这一特性。也就是说,我无法在juputer notebook中直接完成分析。这一问题在2019年就被提出过,但是直到我需要进行分析的2024年,5年过去,依然没有解决方案…

生物信息是一门交叉学科,而生物信息学中使用的工具集或技术栈,也是相当的“交叉”,其碎片化的程度,我绝对不亚于Linux发行版… 这也带来了大家都会面临的难题:生物信息分析环境部署。

去年的时候,我突然看躺在床上的杂牌笔记本电脑特别不爽。好歹也是当年1999买回来的(对毕业半年的我来说是非常大件的消费),后续还因为键盘和触控板问题修了两次花了又快又1000块。这么贵重的东西,不给他安排点活,着时对不起自己的血汗钱。于是我又捣鼓起了几年前关注过,但是当时特别不能用的fydeos。这一捣鼓,我才发现,这几年不仅是deepin发展的很快(快到都有钱和时间把做好的框架和UI又推了重来),fydeos也进化了很多,不仅有了android,还有了linux子系统,日常使用突然就变得不再遥远了,于是!我,斥、重、金————————海鲜市场捡垃圾买了个lenovo chromebook duet..

其实很早之前就知道singularity这个东西了,作为有别于docker,专门为HPC开发的容器,一直都想试试。奈何就像Illumina以外的其他NGS技术一样,singularity虽然没有挂,但是至今都没有什么声量,而且在k8s这种容器集群管理方案被绝大多数云厂商采纳后,singularity要竞争似乎更难了… 当然这跟我现在没什么关系… 咱目前离上云感觉至少还有三五年的距离,因此在本地集群启用这个感觉完全合乎情理。

今天需要部署个Rstudio给别人用, 记录一下部署的步骤以及要点

最近出于…..emmmmmm心有不甘?我卖掉了之前拍的lenovo chrome duet2,但是转头又买了pixelbook 2017…..既然设备到手了,还是想要继续折腾一阵,力求找到用这台pixelbook 2017代替我的工作电脑进行一般办公的方式。然后找着找着,主要矛盾没解决,倒是诞生了几个实用的副产品…. 使用codespace写hexo博客是其一。