mSINGS是一个用来检测MSI的软件, 其优势似乎是可以用于tumor only的样品.

特么我终于成功使用这个特性了…我真是太南了…

MultiQC是一个NGS数据的质控工具, 不过跟很多其他工具不同的一点是, 它本身并直接进行数据获取和指标计算, 而是读入各种常见质控工具的结果文件然后做综合展示.

Lumpy作者对这个项目的定位与其说是做一个好用的工具, 不如说是构建一个通用的结构变异信号生成方案, 然后顺便对这个方案做了一个基本的实现. 与其他工具相比, lumpy的文章中花了更多的篇幅去阐述这个方案中设定的证据概念, 及获取信息的方案. 解读这个工具让我更加了解如何从NGS测序数据中获取结构变异的信号.

“我所知道的结构变异相关信息”这个博客构想的内容有点太多了, 一次写太多我自己回查也不是很方便, 所以还是决定拆成各个小的部分, 之后再用gitbook写个综合的.

写流程是生物信息分析中经常需要涉及的工作, 一个成熟完善的好工具可以使工作的效率大大提高.

原来又撞到了bug….

因为工作需要了解了一些单细胞研究的基本思路及方案, 写个记录, 当作整理一下

在新公司使用SGE的方式有点不太一样, 做个笔记