之前已经在R和Python中都使用过并行了, 我是最近才知道原来Bash下面也有简单好用的并行程序: GNU Parallel[^1]. 这是一个Perl实现的程序, 可以方便的将Bash中各种命令并行执行.

Lumpy作者对这个项目的定位与其说是做一个好用的工具, 不如说是构建一个通用的结构变异信号生成方案, 然后顺便对这个方案做了一个基本的实现. 与其他工具相比, lumpy的文章中花了更多的篇幅去阐述这个方案中设定的证据概念, 及获取信息的方案. 解读这个工具让我更加了解如何从NGS测序数据中获取结构变异的信号.

“我所知道的结构变异相关信息”这个博客构想的内容有点太多了, 一次写太多我自己回查也不是很方便, 所以还是决定拆成各个小的部分, 之后再用gitbook写个综合的.

想不到4年之后, 又要弄回归了…这一次用的R而不是SPSS, 之前作的是统计分析, 这次…居然变成机器学习了…

昨天因为markdown文章里面用了无法解析的符号, 导致我以为hexo挂了, 遂折腾换了新的主题…顺便又回顾了一下搭建过程

在使用snakemake一段时间后, 发现其中确实有很多实用的特性来方便平常的分析, 做个记录整理

原来写脚本的时候很多实用的功能都没有用过, 这次学习了一点点, 做个记录

R中可以方便的使用多进程, Python中也有类似的东西.

最近用写了个画图的脚本, 需要一次性用ggplot绘制大量的图片. 虽然在脚本内所有需要使用循环的地方都已经使用上apply了, 但依然架不住一次画几百图, 所以捣鼓了一下parellel, 将画图的部分并行执行已加快速度.

好久不更了, 今天来记录一下自制vpn的升级版~