进行软件开发时, 不论是为了展示或者是自己梳理需要都会要用到流程图, 如果自己开个绘图板或者word来画呢也不是不可以, 但是如果图一单复杂了, 或者图是不是会需要更改的话, 就很花时间了, 因此一个类似markdown这样可以让人专注与内容而不是形式的工具就非常重要了.

前些天帮师姐弄了一下序列比对, 才发现原来经常用的MEGA出到了X(10), 并且现在有了Linux的GUI版本. 不由得小感叹了一下: 世界真是在慢慢变化的.

之前已经在R和Python中都使用过并行了, 我是最近才知道原来Bash下面也有简单好用的并行程序: GNU Parallel[^1]. 这是一个Perl实现的程序, 可以方便的将Bash中各种命令并行执行.

Lumpy作者对这个项目的定位与其说是做一个好用的工具, 不如说是构建一个通用的结构变异信号生成方案, 然后顺便对这个方案做了一个基本的实现. 与其他工具相比, lumpy的文章中花了更多的篇幅去阐述这个方案中设定的证据概念, 及获取信息的方案. 解读这个工具让我更加了解如何从NGS测序数据中获取结构变异的信号.

“我所知道的结构变异相关信息”这个博客构想的内容有点太多了, 一次写太多我自己回查也不是很方便, 所以还是决定拆成各个小的部分, 之后再用gitbook写个综合的.

想不到4年之后, 又要弄回归了…这一次用的R而不是SPSS, 之前作的是统计分析, 这次…居然变成机器学习了…

昨天因为markdown文章里面用了无法解析的符号, 导致我以为hexo挂了, 遂折腾换了新的主题…顺便又回顾了一下搭建过程

在使用snakemake一段时间后, 发现其中确实有很多实用的特性来方便平常的分析, 做个记录整理

原来写脚本的时候很多实用的功能都没有用过, 这次学习了一点点, 做个记录

R中可以方便的使用多进程, Python中也有类似的东西.