之前已经在R和Python中都使用过并行了, 我是最近才知道原来Bash下面也有简单好用的并行程序: GNU Parallel[^1]. 这是一个Perl实现的程序, 可以方便的将Bash中各种命令并行执行.

在使用snakemake一段时间后, 发现其中确实有很多实用的特性来方便平常的分析, 做个记录整理

原来写脚本的时候很多实用的功能都没有用过, 这次学习了一点点, 做个记录

R中可以方便的使用多进程, Python中也有类似的东西.

最近用写了个画图的脚本, 需要一次性用ggplot绘制大量的图片. 虽然在脚本内所有需要使用循环的地方都已经使用上apply了, 但依然架不住一次画几百图, 所以捣鼓了一下parellel, 将画图的部分并行执行已加快速度.

好久不更了, 今天来记录一下自制vpn的升级版~

Snakemake 确实是非常好用的流程开发及管理工具. 但是在特定的场景下…它也会带来一些问题, 然后在机缘巧合下, 我发现了一种非常蛋疼的使用方式: 只使用snakemake的依赖处理和人物管理, 执行脚本另外生成.

一直都在用argparse写命令行解析, 但是直到前段时间才发现原来它可以用来写子命令

用R总是会碰到各种问题, 收集一下

R安装github上面的包有时会出现连接不到github的问题, 记录一下解决方案