在使用pixi管理生物信息学分析环境时，经常会遇到一些Bioconductor的R包安装后出现依赖缺失的问题。目前暂不清楚这个问题的原因，用了pixi一年了，这个问题到目前为止（2025.10）也木有修复，因此本文介绍如何通过pixi tasks功能来解决这类问题。

在我们现在基于scanp的单细胞流程中，有一步需要将AnnData对象保存为loom格式。但是与保存为h5ad不同，当我们不做任何处理，将AnnData对象写入loom文件后再次读取时，会发现obs和var的索引（index）信息丢失了，这些索引（通常是细胞条形码和基因名）变成了普通的数字编号。

Milo是一种用于单细胞RNA测序数据的差异丰度分析方法，能够检测不同条件下细胞邻域的组成变化。

在癌症研究中，比较肿瘤样本和类器官模型的基因组特征对于验证模型的可靠性至关重要。Circos图能比较直观地展示基因组中检测到突变的情况，所以在描述代表样本的总体检测结果时非常常用。在阅读circlize的文档的时候，看到作者给了一个配对样品的展示例子，我觉得用来展示配对的原代样本和类器官挺合适的，就搓了一个用来展示配对样本的图。代码主要参考自官方文档的9.5 Concatenating two genomes

看一看这个草稿的创建时间，居然是2024年06月了… 现在都2025年6月了，突然理解了为什么那么多UP主会成为鸽子，挖坑一时爽，填坑火葬场啊… 这篇是我位数不多的纯生物信息内容了…

问题起因是去年要运行 monocle3 进行拟时间分析，但是分析到最后发现一个很蛋疼的问题，monocle3 中的拟时间轨迹起点，是需要分析者来手动指定的，R代码执行过程中会自动开启浏览器，用户需要在浏览器打开的临时网站中指定起点，然后关闭页面，分析继续进行。

但是jupyter的irkernel内核并不支持这一特性。也就是说，我无法在juputer notebook中直接完成分析。这一问题在2019年就被提出过，但是直到我需要进行分析的2024年，5年过去，依然没有解决方案…

生物信息是一门交叉学科，而生物信息学中使用的工具集或技术栈，也是相当的“交叉”，其碎片化的程度，我绝对不亚于Linux发行版… 这也带来了大家都会面临的难题：生物信息分析环境部署。

今天需要部署个Rstudio给别人用, 记录一下部署的步骤以及要点

mSINGS是一个用来检测MSI的软件, 其优势似乎是可以用于tumor only的样品.

特么我终于成功使用这个特性了…我真是太南了…

MultiQC是一个NGS数据的质控工具, 不过跟很多其他工具不同的一点是, 它本身并直接进行数据获取和指标计算, 而是读入各种常见质控工具的结果文件然后做综合展示.