在使用pixi管理生物信息学分析环境时，经常会遇到一些Bioconductor的R包安装后出现依赖缺失的问题。目前暂不清楚这个问题的原因，用了pixi一年了，这个问题到目前为止（2025.10）也木有修复，因此本文介绍如何通过pixi tasks功能来解决这类问题。

在我们现在基于scanp的单细胞流程中，有一步需要将AnnData对象保存为loom格式。但是与保存为h5ad不同，当我们不做任何处理，将AnnData对象写入loom文件后再次读取时，会发现obs和var的索引（index）信息丢失了，这些索引（通常是细胞条形码和基因名）变成了普通的数字编号。

Milo是一种用于单细胞RNA测序数据的差异丰度分析方法，能够检测不同条件下细胞邻域的组成变化。

DevPod 是一个开源的开发环境管理工具，可以让你在任何 Kubernetes 集群或 Docker 主机上创建类似 GitHub Codespaces 的开发环境。本文将介绍如何使用 DevPod CLI 创建工作区，并详细解析 DevContainer 配置文件的编写。

正如我同学所说，我现在有一点”被迫转码”的趋势… 目前维护的几个网站都有各自的前端、后端数据库，部分还有测试代码和迁移代码，涉及语言从生物信息学常用的Python到之前几乎不用的JS、TS、HTML、C#等。实际工作中，不可能有太多时间从头系统学习每门语言，因此掌握最基本的调试方法至关重要。其中JavaScript和TypeScript的调试方式，我觉得特别值得记录，因为它们与其他语言相比确实有些独特之处。

Uptime Kuma 是一个极其易用的开源监控工具，它让监控各种网络服务变得简单而高效。它支持多种协议监控，包括 HTTP(s)、TCP、Ping、DNS 查询等，甚至还能通过 Chrome 内核模式模拟真实用户访问，以更真实的监控服务是否稳定运行。此外，它还支持数十种异常通知方式，可以直接接入我们日常使用的各种应用。同时还提供了独特的 Push 监控方式，让用户能够通过自定义代码扩展监控功能（比如监控 SSH 服务是否可用）。

在癌症研究中，比较肿瘤样本和类器官模型的基因组特征对于验证模型的可靠性至关重要。Circos图能比较直观地展示基因组中检测到突变的情况，所以在描述代表样本的总体检测结果时非常常用。在阅读circlize的文档的时候，看到作者给了一个配对样品的展示例子，我觉得用来展示配对的原代样本和类器官挺合适的，就搓了一个用来展示配对样本的图。代码主要参考自官方文档的9.5 Concatenating two genomes

去年其实就使用Fydetab Duo压制过旅行中的视频，当时找的某个github上给的现成库，结果现在找不到这个库了… 于是这次我又尝试自己来编译了…

Python下快速开发数据或AI相关应用的模块真的很多，我已经使用过的包括Dash、Streamlit、Gradio、NiceGUI，前段时间我甚至又发现了俩，正遇上我需要开发一个展示公司数据的简单数据看板，于是我再次不要命的用了新框架—-Taipy。

书接上回，在成功编译libapp项目下的代码后，接下来是两部分：修改libapp的代码，以及将修改应用到镜像中