从事生物信息分析，研究方向越前沿，就要面临越多来自信息侧的问题。即使是文章发的非常好，原作者共享了代码，甚至写了现成软件工具，也不代表我们能轻松顺利的用这些现成的东西来复现或进行研究，混乱的环境设置只是一方面，更多时候，由于软件作者并不是专业的软件工程师，工具功能大致能用已经谢天谢地了，不能奢望这些软件没有一点毛病，更不能奢望有性能可言（除非开发时性能被来就是开发点）。即使这工具来自于有实力的大实验室，很多时候也不能幸免，比如… Azimuth。

我一直有下班骑车路上听视频的习惯，这周听到了差评讲 RISC-V 的视频。视频中提到一个观点：RISC-V 作为一种指令集架构，基于它的芯片产品存在严重的碎片化问题，导致应用生态发展面临很大困难，因此必须解决碎片化问题，通过统一标准才能实现快速发展。这个观点让我联想到多年来使用 Linux、安卓以及 R 语言的经历，我觉得视频中的说法可能并不完全准确。

我还是挺喜欢现在的 hexo 主题的，从 2021 年使用它的前身material-x，到2023年升级到 Volantis 5.x，主题的功能已经完全满足我个人的需求了，以至于没有继续升级作者后续的6和7了。不过上半年利用 AI 对博客进行批量英文翻译后，一直有一些界面元素还是中文的问题。今年就不大动工，直接在 AI 指导下自己动手修一修。

最近在FydeOS上尝试使用pixi来编译和运行podman，虽然取得了一些进展，但最终只成功了一半。在这篇博客中，我将分享整个过程以及遇到的问题。

在使用pixi管理生物信息学分析环境时，经常会遇到一些Bioconductor的R包安装后出现依赖缺失的问题。目前暂不清楚这个问题的原因，用了pixi一年了，这个问题到目前为止（2025.10）也木有修复，因此本文介绍如何通过pixi tasks功能来解决这类问题。

在我们现在基于scanp的单细胞流程中，有一步需要将AnnData对象保存为loom格式。但是与保存为h5ad不同，当我们不做任何处理，将AnnData对象写入loom文件后再次读取时，会发现obs和var的索引（index）信息丢失了，这些索引（通常是细胞条形码和基因名）变成了普通的数字编号。

Milo是一种用于单细胞RNA测序数据的差异丰度分析方法，能够检测不同条件下细胞邻域的组成变化。

DevPod 是一个开源的开发环境管理工具，可以让你在任何 Kubernetes 集群或 Docker 主机上创建类似 GitHub Codespaces 的开发环境。本文将介绍如何使用 DevPod CLI 创建工作区，并详细解析 DevContainer 配置文件的编写。

正如我同学所说，我现在有一点”被迫转码”的趋势… 目前维护的几个网站都有各自的前端、后端数据库，部分还有测试代码和迁移代码，涉及语言从生物信息学常用的Python到之前几乎不用的JS、TS、HTML、C#等。实际工作中，不可能有太多时间从头系统学习每门语言，因此掌握最基本的调试方法至关重要。其中JavaScript和TypeScript的调试方式，我觉得特别值得记录，因为它们与其他语言相比确实有些独特之处。

Uptime Kuma 是一个极其易用的开源监控工具，它让监控各种网络服务变得简单而高效。它支持多种协议监控，包括 HTTP(s)、TCP、Ping、DNS 查询等，甚至还能通过 Chrome 内核模式模拟真实用户访问，以更真实的监控服务是否稳定运行。此外，它还支持数十种异常通知方式，可以直接接入我们日常使用的各种应用。同时还提供了独特的 Push 监控方式，让用户能够通过自定义代码扩展监控功能（比如监控 SSH 服务是否可用）。