生物信息是一门交叉学科，而生物信息学中使用的工具集或技术栈，也是相当的“交叉”，其片化的程度，我是觉得绝对不亚于Linux发行版… 这也带来了大家都会面临的难题：生物信息分析环境部署。

其实很早之前就知道singularity这个东西了，作为有别于docker，专门为HPC开发的容器，一直都想试试。奈何就像Illumina以外的其他NGS技术一样，singularity虽然没有挂，但是至今都没有什么声量，而且在k8s这种容器集群管理方案被绝大多数云厂商采纳后，singularity要竞争似乎更难了… 当然这跟我现在没什么关系… 咱目前离上云感觉至少还有三五年的距离，因此在本地集群启用这个感觉完全合乎情理。

今天需要部署个Rstudio给别人用, 记录一下部署的步骤以及要点

很早之前就关注过国内做的一个很特殊的操作系统, 叫FydeOS, 他是基于ChromiumOS构建的中国版的ChromeOS, 这种操作系统主打的理念是, 很多人在工作中其实并不需要性能多好的终端计算机设备, 而是需要一个能访问工作必备的服务的入口型设备就好, 具体到目前的情况, 就是终端设备只要能鱼形浏览器, 然后通过浏览器来访问云端的服务完成操作就好.

鸽了都快大半年了, 自从接锅以来, 事情一直都多得做不完… 也就没那个兴致写东西, 不过这一次算是将半年来新学的一些东西做了综合应用, 写了我人生中第一个带数据库操作的Web-App, 所以还是应该纪念一下, 不过时间有限, 先写文本, 图片以后再补…

mSINGS是一个用来检测MSI的软件, 其优势似乎是可以用于tumor only的样品.

MultiQC是一个NGS数据的质控工具, 不过跟很多其他工具不同的一点是, 它本身并直接进行数据获取和指标计算, 而是读入各种常见质控工具的结果文件然后做综合展示.

Lumpy作者对这个项目的定位与其说是做一个好用的工具, 不如说是构建一个通用的结构变异信号生成方案, 然后顺便对这个方案做了一个基本的实现. 与其他工具相比, lumpy的文章中花了更多的篇幅去阐述这个方案中设定的证据概念, 及获取信息的方案. 解读这个工具让我更加了解如何从NGS测序数据中获取结构变异的信号.

“我所知道的结构变异相关信息”这个博客构想的内容有点太多了, 一次写太多我自己回查也不是很方便, 所以还是决定拆成各个小的部分, 之后再用gitbook写个综合的.