关于我
关于我页面重整啦! 现在用了Tab将内容折叠起来… 免得太常浪费版面~
个人简介
- 自称: Silen Wang / Sylens Wong / 汪兴伦, 是一颗逐渐开心起来的卤蛋!
- 兴趣: 打游戏, 打游戏, 还是TMD 打! 游! 戏! 动漫也看,
但是最近感兴趣番的越来越少了…, 2024年重新开始追番！迷宫饭真是太好看了！都给我去看！ - 学习/工作路线: 公卫 -> 分子流病 -> 生信 -> 新生抗原 -> 类器官 -> 各种各样
- emmmm… 越来越博学了
- 下头的词云已经代表不了我了，正在筹备更新中…
- GitHub:
教育经历
- 学校: 广东药学院(现广东药科大学)
- 学院: 公共卫生学院
- 专业: 预防医学(本科)
- 学位: 学士
- 学校: 南方医科大学
- 学院: 公共卫生学院
- 专业: 流行病与卫生统计学
- 学位: 硕士
工作履历
- 就职情况: 天津某生信服务公司 生物信息分析工程师
- 工作内容:
- 人基因组二代测序数据（WES / WGS）质控及分析
- 基于频率、基因区域、有害性软件预测、家系遗传模式进行变异结果筛选
- 依据全基因组关联分析（GWAS）结果定位可能有害的变异
- 根据客户要求进行筛选方案定制并展示结果
- 特定疾病研究现状调研
- 对特定疾病的基本知识及研究现状进行调研学习，为开发相关分析模块作前置准备
- 数据交付流程维护与升级
- 人基因组二代测序数据（WES / WGS）质控及分析
- 就职情况: 杭州某基因科技公司 生信技术部 生物信息工程师
- 工作内容:
- 数据处理
- cfDNA/FFPE/白细胞样品测序数据处理
- 二代测序分析流程构建 / 测试
- 二代测序分析用工具开发(Python / R / Julia / Shell)细胞样品测序数据拆分及质量控制
- 原始测序数据(fastq)比对, 及质量控制
- UMI数据 / Molecular Barcode数据处理
- 分析流程相关
- 对现有生物信息分析流程Debug
- 编写新的分析模块并整合进流程框架
- 分析模块的测试及Debug
- 分析用软件部署及依赖处理
- 分析用软件性能测试及分析结果比较
- 流程文档的编写与维护
- 单细胞测序分析流程的搭建及测试
- 算法及工具开发:
- UMI去重算法比较及复现
- 质控图形绘制工具开发
- 基于机器学习的变异结果筛选工具的开发
- 已有分析工具的效能优化(并行化)
- 数据处理
- 2019.07-2020.03 杭州某生物科技公司 生物信息工程师
- 基于NGS的cfDNA分析方案调研, 分析流程搭建
- 新生抗原相关数据统计分析
- 生物信息分析程序维护
- 用药指导报告数据库维护
- 2020.03-2024.04 杭州某生物科技公司 生信主管
- 基于NGS的HLA分型/定量模块开发
- 基于flask的生信分析工具后端开发
- 新生抗原筛选模块开发
- 生信分析主流程维护与升级
- 按要求进行材料撰写与修订
- 2024.05-至今 杭州某医学科技公司 高级生物信息分析工程师
- 开发WES/RNA-Seq/单细胞分析流程
- 根据客户要求解读、制订并执行生物信息分析方案
- 生物信息数据库构建、运维
- 生物信息服务器运维
- 网站、系统云服务器运维
- 网站、内部实验管理系统开发、运维、迁移、自动化测试
- 微信小程序运维
工作相关技能
常用语言与工具
编程语言
数据科学/数据库
Web
IDE / Dev
DevOps
可视化
生物信息
操作系统
编程能力
- 并行化: Multiprocess
- 二代测序常用文件处理: Pysam, PyVCF, CyVCF, Biopython, Scanpy
- 爬虫:
- scrapy: 有数个小型爬虫项目经验, 能使用scrapy完成静态页面, 未加密动态页面的爬取和数据
- 能使用splash, selenium配合scrapy完成动态页面数据的爬取
- 数据处理/统计计算: Pandas, numpy, math, scipy, statsmodels
- 自动化测试: Pytest
- 绘图: Plotly
- 数据交互展示: Dash
- 图像处理: pillow
- WebUI/API搭建: FastAPI / Taipy / flask / gradio / nicegui
- 办公自动化: docxtpl, openpyxl, python-docx
- 数据处理: base, dplyr
- 并行化: Parallel
- 绘图: ggplot2, ggpubr, ggthemes
- Web开发: Shiny, plumber
- Linux系统安装/配置管理: Redhat系发行版操作/维护, Debian系发行版安装/配置/维护, Arch系发行版安装/配置/维护
- HPC集群管理系统: 有SUN Grid Eengine使用, 维护经验
- Snakemake: 能熟练编写Snakefile, 熟练Snakemake进行流程构建和管理, 有丰富的Snakemake的实际运用经验
- Nextflow: 能理解nextflow配置文件的内容，有过将nextflow流程专为Snakemake流程的经验
- 容器技术:
- 有容器化开发经验，能够配置符合Devcontainer规范的开发容器，进行本地或远程开发
- 有丰富的容器使用和部署经验，能使用主流的容器软件如Docker、Podman、Apptainer（原Singularity）能编写Dockerfile和Def文件构建Docker容器或Sif容器(示例)
- Pixi/Conda/Mamba: 有较充足的实际使用经验, 能够使用conda快速部署分析用软件及流程
- Git: 有使用Git进行项目代码/文档管理的经验, 懂得基本的创建/推送/合并的方法, 使用过钩子特性运行一些自动化任务操作
- DevOps: 了解DevOps的基本概念，能使用Github actions / Azure Pipeline平台完成代码管理、以及自动化测试和部署工作
掌握生物信息软件/模块
- emmm… 使用过及使用比较多的都有, 并且近一年内用到的真挺少的… 不过给我一周应该都能重新熟悉的把hhhhhhh
- 二代测序数据拆分: bcl2fastq
- BED文件操作: bedtools
- 数据质控: fastp, fastQC, MultiQC
- 序列比对: bwa, bowtie, STAR
- 表达量计算/分析: DESeq2, DEXseq, Salmon, kallisto, htseq, Hisat2
- 序列处理: seqtk, seqkit
- BAM/VCF文件操作: Picard, Samtools, Bcftools, Sambamba, Pysam, Biogo
- UMI处理相关: UMI-tools, fgbio
- 分析框架: cellranger, rhapsody, Scanpy, Seurat
- 细胞组成差异: Milopy, miloR
- 细胞注释: SingleR, celltypist, Azimuth
- 拟时序: Monocle, scvelo, cellrank, pymonocle
- 细胞通讯: Cellchat
- SNP/INDEL检测: Samtools, GATK(Mutect2), Vardict, Vacscan, Strelka
- DNA结构变异/融合基因检测: CREAST, lumpy-sv, Smoove, SViCT, SvABA, Manta, Delly, GeneFuse, Factera, sv-tools
- CNV检测: CNVkit, PyLOH
- 变异注释: ANNOVAR, snpEff, VEP
- 克隆性: PyClone, SciClone, FastClone
- 测序数据遗传一致性排查: plink, NGSCheckMate
- 质谱鉴定: pFind, maxquant
其他工作技能
- 专利交底撰写
- 软著撰写
- 研究论文撰写
- 静态博客/文档撰写
- hexo
- mkdocs
- gitbook
可展示项目
Github项目
已发表文献
参与的文章一般仅负责生信相关部分
- Ye Feng et al., “Multi-Epitope Vaccine Design Using an Immunoinformatic Approach for SARS-CoV-2” Pathogens 10 (June 11, 2021) 737.
- Zheling Chen et al., “A Neoantigen-Based Peptide Vaccine for Patients With Advanced Pancreatic Cancer Refractory to Standard Treatment” Front. Immunol. 12 (2021) 691605.
- Jiawei Shou et al., “Combination Treatment of Radiofrequency Ablation and Peptide Neoantigen Vaccination: Promising Modality for Future Cancer Immunotherapy” Front. Immunol. 13 (September 29, 2022) 1000681.