对发现bug的R函数进行热修复

短时间内，我碰到两次需要修复R函数Bug的情况了，也顺便学习了一下如何进行热替换…

为什么需要热修复？

在数据分析项目中，时间往往是关键因素。如果依赖的R包函数存在bug，可能会阻塞整个分析流程。虽然说向包维护者报告bug并帮助修复是最能回馈开源社区的方式，但是… 其实你总不可能跟老板说，我已经跟作者反馈Bug了，猴年马月之后，我们就能等到正确结果啦！

所以自己找到问题，并进行热修复更实际一些。

最基本的修复–替换

据我这些年的使用经验，R虽然支持对象，但是真这么用的并不多，至少大多数生物信息的包还是函数式的，因此，最简单的思路，哪个函数出问题，用修改后的函数替换就是。

首先，我们可以定位到要修复的函数，然后print(YOUR_FUNCTION)，这样就能得到你目前工作环境中，对应函数的代码了。

当然，有些时候我们要修复的函数并不是包内导出的给用户使用的函数，可能是包的内部函数，这时需要用包名+:::+函数名来获得代码。

在对函数做了修改之后，直接<-盖掉原来的函数，就能完成修改了。比如我给Azimuth那个问题的方案，就是直接改函数这么替换。

修改函数后，进行命名空间设置

当然大部分函数并不能真像上面那样那么简单就完成修复，因为大多数函数不是孤立的，它可能要在原包内调用其他函数，也可能它是一个不导出的内置函数，这样子在当前命名空间下完成替换，并不能起效，还要替换对应包命名空间下的原函数，步骤如下：

R提供了assignInNamespace函数，允许我们替换包命名空间中的对象。

1. 用assignInNamespace设置函数的环境为包的命名空间
2. 将修改后的函数赋值回包的命名空间

实际操作起来很简单：

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# 写好修改的函数
createOncoMatrix <- function(
    print('Mod！')
)

# 设置函数环境为包的命名空间
environment(createOncoMatrix) <- asNamespace("maftools")

# 将修改后的函数替换回包的命名空间
assignInNamespace("createOncoMatrix", createOncoMatrix, ns = "maftools")

后记

虽然记录了热修复方案，单我还是更希望，不要再让我遇上这种问题了… 30分钟的分析变成一下午的Debug…