为了充分利用二手不出去的烂设备…我决定自己搭服务器积累经验…考虑到搭建的东西的移植性, 使用docker放在容器内执行, 这样以后方面迁移与使用.

安装

环境系统使用manjaro, 毕竟这个我最熟悉. 并且archwiki能为许多奇怪的问题提供帮助, 安装docker的话很简单:

sudo pacman -S docker
# 为了让普通用户使用docker, 需要添加相应用户组并把要使用的用户加入组中
sudo groupadd docker
sudo gpasswd -a ${USER} docker
# 上面用usermod命令也可以:
sudo usermod -Ga docker ${USER}
# 如果已经启用过则`restart`, 不需要`enable`
systemctl start docker
systemctl enable docker

为加快镜像(images)拉取速度, 设施dockerhub的国内镜像源(registry mirror), 配置文件是/etc/docker/daemon.json, 配置完成后执行sudo systemctl restart docker:

1
2
3

{
  "registry-mirrors": ["https://docker.mirrors.ustc.edu.cn/"]
}

镜像创建及镜像内部操作

准备在镜像内安装R并安装sscClust包, 公司的服务器是CentOS6, 所以使用拉取相应镜像:

1	docker pull centos:6

但是在进行了上述拉取之后, 一直不能正常的运行镜像, 根据这里的描述, 似乎这是官方镜像有问题, 所以改为拉取了centos:7, 确实在更换版本后正常启动.

1
2
3

docker run -dti IMAGE_ID /bin/bash
# 登陆入dcoker进行操作, 注意, 登陆后是root, 操作小心...
docker exec -it CONTAINER_ID /bin/bash

登陆后安装vim, 对环境变量作基本设置, 然后开始安装R

yum -y install epel-release
# 更改镜像源
yum install wget
mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.bak
mv /etc/yum.repos.d/epel.repo /etc/yum.repos.d/epel.repo.bak
wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-7.repo
wget -O /etc/yum.repos.d/epel.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/epel-7.repo
# 不同的镜像源包版本会不一样, 删除已有缓存防止报错
yum clean all
yum -y makecache
yum -y install R

补充R包安装需要的一些系统软件包

1	yum install -y openssl-devel libcurl-devel libxml2-devel gsl-devel

之后进入R开始安装sscClust(安装R本来就会自动安装一大堆依赖, 安装这个包的时候会有更多依赖…)

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
install.packages("devtools")
biocLite(c('SingleCellExperiment', 'scran', 'SC3', 'zinbwave', 'BiocParallel'))
devtools::install_github("Japrin/sscClust")

如果网络没有特别问题, sscClust应该是能够顺利安装的, 最后将docker容器的更改保存为一个镜像(image), 保存完成后会显示一串sha256值, 使用docker images可看到已经保存下来的镜像

1	docker commit CONTAINER_ID r/sscclust

docker使用记录

安装

镜像创建及镜像内部操作